瓦加杜古這個名字可以追溯到15世紀，當時Ninsi部落居住在該處於衝突的地區。[3]直到1441年，伍布里（Yonyonse英雄和布基納法索歷史上的重要人物）帶領他的部落取得了勝利。然後，他將該地區從Ninsi所稱的“Kumbee-Tenga”重新命名為“Wage saber soba koumbem tenga”，意思是“首席戰爭首領的村莊”。瓦加杜古就是這個名字的法語拼寫。
瓦加杜古於1441年成為莫西王國的首都，並於1681年成為莫西皇帝(Moro-Naba) 的永久居所。Moro-Naba儀式仍然在每週五由莫西皇帝及其宮廷舉行。1919年，法國人將瓦加杜古定為上伏塔（法語：Haute Volta）的首府。1954年，由於從科特迪瓦出發的鐵路線到達了這座城市。因此瓦加杜古的人口從1954年到1960年間急速發展。
2010年代，由于利比亚内战（英语：Libyan Crisis (2011–present)）的缘故，大量武器和武装人员流入该地区，武装袭击在周边地区蔓延，2016年1月15日，伊斯兰马格里布基地组织發動一起对酒店和餐厅的袭击（英语：2016 Ouagadougou attacks），28人死亡，至少56人受傷；在政府的反擊之後，共有176名人質被釋放，三名肇事者也被打死。[4]2017年，类似的袭击（英语：2017 Ouagadougou attack）再次上演，夺去了19人的生命。
2018年3月2日，至少八名武装人员对当地多处重要地段展开袭击。袭击目标包括法国使馆和布基纳法索军队（英语：Military of Burkina Faso）总部。至少16人在袭击中死亡，80多人受伤。[5][6]